目前，動(dòng)物研究所擁有3個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、2個(gè)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和1個(gè)國(guó)家動(dòng)物博物館，動(dòng)物系統(tǒng)學(xué)與進(jìn)化、保護(hù)生物學(xué)、整合生物學(xué)、生殖生物學(xué)、細(xì)胞膜生物學(xué)等在國(guó)家、院層面具有鮮明學(xué)科特色；農(nóng)業(yè)蟲(chóng)鼠害可持續(xù)控制，外來(lái)物種及野生動(dòng)物疫病預(yù)警與防控、生殖避孕與動(dòng)物克隆、珍稀瀕危動(dòng)物保護(hù)等方面具有明顯的優(yōu)勢(shì)，并符合國(guó)家戰(zhàn)略需求，在生殖生物學(xué)、保護(hù)生物學(xué)、整合生物學(xué)、系統(tǒng)進(jìn)化等科學(xué)研究的前沿領(lǐng)域也取得多項(xiàng)基礎(chǔ)性、前沿性的重大創(chuàng)新性貢獻(xiàn)。2002-2015年，動(dòng)物研究所（第一主持單位）有6項(xiàng)科技成果獲得國(guó)家科技獎(jiǎng)。
中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所2015年10月21日發(fā)布的“中國(guó)科技論文統(tǒng)計(jì)結(jié)果”顯示，動(dòng)物研究所2014年國(guó)際論文被引用篇數(shù)在全國(guó)研究機(jī)構(gòu)中排名第19位（2005-2014年SCI數(shù)據(jù)庫(kù)收錄的動(dòng)物研究所論文截至2015年9月累計(jì)被引用2223篇，被引用22342次）；年度“表現(xiàn)不俗論文”數(shù)量149篇（占2014年動(dòng)物研究所發(fā)表論文數(shù)的56.87%），排名第20名；SCIE數(shù)據(jù)庫(kù)收錄論文數(shù)量排名第25位。
《中國(guó)科學(xué)院生物類(lèi)研究所論文與引文統(tǒng)計(jì)》（2010-2015）報(bào)告表明，動(dòng)物研究所在2010-2015年以全部著者和第一著者被收錄SCI論文數(shù)量分別為2591篇和1537篇，分別位居中國(guó)科學(xué)院生物類(lèi)研究所第3名和第2名；2010-2015年在JCR各主題領(lǐng)域影響因子TOP10%期刊發(fā)文量及被引頻次（SCI第一著者）分別位居中國(guó)科學(xué)院生物類(lèi)研究所第2名和第4名；2009-2014年在JCR各主題領(lǐng)域影響因子TOP30%期刊發(fā)文量及被引頻次（SCI第一著者）分別位居中國(guó)科學(xué)院生物類(lèi)研究所第3名和第5名。
2015年12月17日，Nature發(fā)布了Nature Index 2015 China，分析了2012-2014年中國(guó)三年的研究成果，并根據(jù)WFC（Weighted Fractional Count）評(píng)分評(píng)選出了中國(guó)排名前五十的生命科學(xué)研究機(jī)構(gòu)（Top 50 Institutions in Life Sciences）。動(dòng)物研究所在其中排名第14位，并在中科院生命科學(xué)領(lǐng)域研究所中排名第3位。
在重要研究論文和產(chǎn)出方面，近年來(lái)一批高水平研究成果的問(wèn)世極大地提高了動(dòng)物研究所的學(xué)術(shù)影響和學(xué)術(shù)地位。
在細(xì)胞編程與重編程方面，利用CRISPR-Cas技術(shù)首次在重要模式動(dòng)物大鼠上實(shí)現(xiàn)了多基因同步敲除，并證明此技術(shù)引入的基因修飾可通過(guò)生殖細(xì)胞傳遞到下一代，該突破對(duì)于推動(dòng)利用大鼠進(jìn)行基因功能研究和大鼠在生物醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用具有重要作用（Li et al., Nature Biotechnology, 2013）；利用果蠅和斑馬魚(yú)為模式，發(fā)現(xiàn)Smurf通過(guò)位點(diǎn)特異性的泛素化修飾Ptc蛋白，正調(diào)控Hh信號(hào)通路活性，這一機(jī)制有利于生物體內(nèi)信號(hào)受體細(xì)胞對(duì)外源Hh信號(hào)進(jìn)行有效解讀，并在維持信號(hào)的穩(wěn)定傳遞上起重要作用（Huang et al., PLoS Biology, 2013）；成功建立了大鼠單倍體胚胎干細(xì)胞系，并證明其在長(zhǎng)期培養(yǎng)過(guò)程中仍可維持單倍性和多能性，這一工作將對(duì)人類(lèi)疾病模型研發(fā)和開(kāi)展基因功能研究起到重要的推動(dòng)作用（Li et al., Cell Stem Cell, 2014）；創(chuàng)造出一種新型干細(xì)胞——異種雜合二倍體胚胎干細(xì)胞 ，這是首例人工創(chuàng)建的、能以穩(wěn)定二倍體形式存在的異種雜合胚胎干細(xì)胞，包含大鼠和小鼠基因組各一套，為從天然存在生殖隔離的物種制備包含穩(wěn)定二倍體基因組的雜交干細(xì)胞提供了新方法（Li et al., Cell, 2016）。
在有害動(dòng)物調(diào)控機(jī)制方面，成功破譯迄今世界最大動(dòng)物基因組—飛蝗基因組圖譜并揭示其食性、遷飛和群聚的奧秘，為更好的揭示蝗災(zāi)爆發(fā)機(jī)制以及開(kāi)發(fā)可持續(xù)性治理策略和新的控制方法提供了寶貴的基因組資源，也為推動(dòng)蝗蟲(chóng)成為研究人類(lèi)疾病和行為的生物醫(yī)學(xué)模型奠定了重要的基礎(chǔ)（Wang et al., Nature Communications, 2014）；基于多年研究成果的積累，從蝗蟲(chóng)型多態(tài)現(xiàn)象的進(jìn)化、型變的分子基礎(chǔ)和調(diào)控機(jī)制等方面系統(tǒng)闡述了近十年來(lái)在蝗蟲(chóng)型變分子調(diào)控機(jī)制的研究進(jìn)展，并提出了未來(lái)研究中要面臨的挑戰(zhàn)和機(jī)遇，對(duì)于加深人們對(duì)蝗蟲(chóng)型變機(jī)制的理解以及蝗災(zāi)可持續(xù)治理新策略和新方法的開(kāi)發(fā)，都具有重大意義（Wang X. H. & Kang L., Annual Review of Entomology, 2014）；證實(shí)了在蝗蟲(chóng)中MicroRNA-276通過(guò)上調(diào)brm促進(jìn)了卵孵化同步，不僅為蝗蟲(chóng)種群增長(zhǎng)預(yù)測(cè)提供啟示，而且為生物節(jié)律、生物一致性研究提供了新線索，也揭示了miRNA上調(diào)靶基因的新機(jī)制（He et al., PNAS, 2016）；全面系統(tǒng)闡述了關(guān)于紅脂大小蠹入侵機(jī)制和綜合防控理論（Sun et al., Annual Review of Entomology, 2013）；在松材線蟲(chóng)轉(zhuǎn)型發(fā)育及其與媒介天牛-藍(lán)變菌共生互作方面取得新進(jìn)展（Zhao et al., Current Biology, 2013; Zhao et al., Eoclogy, 2013） 。
在動(dòng)物進(jìn)化與保護(hù)方面，重建了大熊貓800萬(wàn)年的種群分化歷史，指出雖然現(xiàn)生大熊貓的三個(gè)遺傳種群均具較高的遺傳多樣性和進(jìn)化潛力，但是其棲息地破碎化現(xiàn)狀及隔離種群間有限的基因流再得不到有效改善，他的遺傳多樣性將會(huì)在未來(lái)緩慢喪失（Zhao et al., Nature Genetics, 2013; Zhu et al., Eoclogy, 2013）；并進(jìn)一步從形態(tài)、行為、生理、遺傳和基因組等方面系統(tǒng)揭示了大熊貓維持異常低能量代謝的機(jī)制（Nie et al., Science, 2015）；從基因組水平進(jìn)一步確證了地山雀是“山雀”而非“鴉”，并發(fā)其基因組中與能量代謝相關(guān)的基因家族發(fā)生了擴(kuò)張、與免疫和嗅覺(jué)相關(guān)的基因家族發(fā)生了收縮以及與低氧反應(yīng)和骨骼發(fā)育相關(guān)的基因經(jīng)歷了正向選擇和不同程度的快速進(jìn)化，揭示了地山雀為適應(yīng)青藏高原的特殊環(huán)境，產(chǎn)生了基本的生存適應(yīng)策略演化（Qu et al., Nature Communications, 2013）。
更新時(shí)間：2016-4-25
